儿童囊肿引起的原因主要是胎儿发育异常，起源于一位胚胎残余组织的外胚层组织，是胚胎晚期，在继发性脑细胞形成时，将表皮带露的结果。资料显示，结核性脑膜炎行鞘内注射后，脑囊肿可为多发，囊肿缺乏血管，实验上，直接把皮肤碎片注入小鼠的脊髓，产生同样的囊肿。