通常来说，临床上推荐舌咽神经痛尽早用药，经1～2年观察，如病情渐重，需行手术，其方法有舌咽神经切断术、血管减压术等。
舌咽神经截断后可发生短期声音嘶哑和吞咽呛咳等较严重并发症，通常不宜使用；血管减压术，即寻找和分离受压舌咽神经血管，神经和血管之间用垫棉垫高，血管对舌咽神经不再产生直接受压，并发症比较少见。