脑积水内镜手术的并发症有出血、炎症、感染等。
脑积水内镜手术下的治疗疗效可能不佳，但由于不需要置入分流系统，因此采用内窥镜进行颅内窥镜治疗的病人仍然很多。并发症主要有出血，炎症，感染等；另外，手术过程中有以下的丘脑会造成颅内以下的解剖结构，会引起医源性尿崩，多见于手术时，术后短期内，可能会出现尿频、尿多等情况；另外，如果做了外科手术，会对男性的性生活造成一定的不良反应，从而引起不孕不育。