通常情况下，大部分灰质异位，仅为一个小结节，或是条索状灰质异位带。故灰质异位癫痫手术并不认为是大手术，具体内容如下：
但由于灰质异位在室管膜下等部位时，位置较深，较难定位或搜索到结节，准确度与精确度要求较高，如果稍有误差，则可能造成不良影响。此外，患者可以在医生的指导下使用采用前颞叶切除术和选择性杏仁核、海马切除术；颞叶以外的脑皮质切除术；癫痫病灶切除术；大脑半球切除术；胼胝体切开术；多处软脑膜下横切术等手术进行治疗。