脑积水内镜手术的风险较大，一般是以下几个方面：
除了出血、感染等常见的并发症外，还有三脑室底部的造瘘术，会对下视丘造成一定的损伤，轻则会引起尿崩，甚至会引起育龄的不孕症。另外，还会对男性病人的性趣产生一定的干扰，从而对其生殖功能造成一定的不利作用。虽然可以通过内窥镜进行短暂的治疗，但随着时间的推移，这种方法的作用会越来越小，有些病人甚至需要进行脑室的腹腔分流术。