一般来说，颅骨骨折凹陷手术指征，应视其部位和骨折的严重程度而定。如果是在功能区出现了头骨断裂，导致四肢瘫痪、下肢瘫痪等功能性损伤时，必须尽早进行手术，尽早处理，病人的预后和副作用都会大大降低。如果头骨的骨折部位不在脑区，而是在脑部和颞叶，那么就会导致癫痫发作。此时需要进行外科治疗，同时进行抗癫痫药物。如塌陷性头骨骨折超过1cm，即使不在脑部，也要做外科手术。
此外，当头部的骨头断裂是在头部等发际以外的地方造成的，会对病人的相貌造成很大的损害，或是对长相有一定的需求，也可以进行手术。