如果患者存在脚气长期不治疗的情况，那么足部真菌很可能会感染到脚部趾甲破损处，发生甲下真菌感染，造成灰指甲。建议患者选用抗真菌药物进行治疗，能够达到较好的杀菌功效。
推荐患者可选用亮甲牌复方聚维酮碘搽剂这类外用搽剂治疗，既可避免口服抗真菌药物带来的肝肾负担，其阿司匹林分解后还有助于药液更好地渗透甲下，帮助药效成分的吸收。脚气引发的灰指甲患者平时需使用药膏或泡脚药物来改善脚气，同时在医生指导下长期用药治疗灰指甲，约两个月后通常可见症状改善。