萎缩性胃炎往往伴随着肠化生的变化，随着病情的加重，很可能会发展成胃溃疡，甚至会发展成胃癌。所以要及时进行正规的治疗。首先要进行根除幽门螺杆菌的根除性治疗，可以使用三联或者四联疗法，口服奥美拉唑，兰索拉唑，泮托拉唑，雷贝拉唑，枸橼酸铋雷尼替丁，阿莫西林，甲硝唑或克拉霉素等。
在用药2周之后停止使用抗生素，随后再口服硫糖铝、枸橼酸铋钾等胃粘膜保护性药物，一次给药时间为6-8周。随后进行随访，并在有需要的情况下进行二次疗养。