性浅表性胃窦炎伴有糜烂，治疗时要控制胃酸，可用奥美拉唑、泮托拉唑、雷贝拉唑等质子泵抑制剂。幽门螺杆菌感染需要彻底根除，可以选择抗生素和质子泵抑制剂，阿莫西林、甲硝唑、左氧氟沙星等作为抗生素。
为了保护胃粘膜，可用铋剂或弱碱性的抗酸剂，如胶铋、铝碳酸镁、硫酸铝等。另外还可以选择多潘立酮、莫沙必利等助消化、促进胃肠蠕动的药物。同时建议平时少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。