对于慢性萎缩性胃窦炎，应选用胃粘膜保护剂和促进胃肠蠕动的药物。
出现幽门螺旋杆菌等急性病原菌感染时，可以考虑使用抗生素。可以通过呼气试验来确定。可以选择碳酸氢钠、西沙必利、铝碳酸镁片等药物。阿莫西林、庆大霉素、复方黄连素是最常见的抗生素。日常生活中要注意饮食要有规律，不要过于紧张，不要吃辛辣刺激的食物和药品，还要戒烟。