如果是细菌感染引起的肠胃炎，可以口服左氧氟沙星、诺氟沙星胶囊等喹诺酮类药物，具有抗菌、消炎、减轻不适的作用，还可以通过药敏试验来确定治疗方案。
铋剂具有良好的抗菌杀菌作用，同时还能起到良好的抗菌作用。兰索拉唑、奥美拉唑等质子泵抑制剂可以通过抑制胃酸的分泌来降低胃液对粘膜的刺激。病情较轻的病人，尽量避免使用抗生素，这样可以减少排毒的时间。