早晨醒来肚子痛有可能是由于十二指肠溃疡导致的空腹痛，需要到医院进行胃镜检查，同时口服奥美拉唑、胶体果胶铋等抑制胃酸、保护胃粘膜的药物。
第二种是肠炎导致的，可以选择肠炎灵，也可以选择西米替丁进行治疗，平时要保持三餐均衡，不能太饥太饱，也不能吃辛辣、生冷、油腻等刺激性的食物。在医生的指导下，多吃一些蔬菜和水果，减少糖分摄入。