通常情况下，胃溃疡和肠道溃疡可以通过药物来治。
治疗胃溃疡一般可以应用即两种抗生素和一种抑酸药物的三联疗法，比如克拉霉素、阿莫西林奥美拉唑等。如果溃胃疡的情况比较重，患者恶心呕吐、胃痛反酸、胃脘胀痛等不适症状比较明显的，还可以联合应用胃黏膜保护剂，即果胶铋、硫糖铝等进行治疗。而肠道溃疡可以使用美沙拉嗪、柳氮磺吡啶等抗炎药物进行治疗，也可以应用比如强的松等免疫抑制剂，调节肠道功能。