一般来说，巨结肠是由于结肠缺少了神经节，造成肠内的长期抽搐，大便淤积在近侧的结肠，从而使近侧的大肠肥大和扩张。是儿童最常见的一种先天性肠炎。巨结肠最常见、最严重的并发症，是小肠结肠炎，若不及时治疗，有较高的死亡率。因此，外科是治疗巨结肠炎最基本的方法。大多数的巨结肠患者在短时间内可以康复。部分患者会发生肠管脱垂、反复肠炎、排便障碍等，还有腹腔盆腔感染、肠管扭转等并发症。
建议患者在医生的指导下进行治疗，同时注意避免辛辣刺激的食物，有助于改善症状。