经过及时治疗，病毒性脑炎通常不会有后遗症。
大部分的病毒性脑炎，如果能够及早发现，及早治疗，通常都能收到良好的疗效。此外，还需要及时的做腰椎穿刺，尤其是少量的脑积液，用有针对性的抗生素或抗病毒药物进行治疗，一般不会留下任何的后遗症。但如果治疗不及时，或采用了错误的治疗方法，则可能有后遗症，如失语、言语障碍、瘫痪、吞咽困难、癫痫等神经系统损害。