小儿烟雾病手术有常规手术的危险，主要表现为出血，感染，脑脊液漏，皮瓣坏死和不愈合。
小儿烟雾病术后有其独特的并发症，因其具有脑梗或者缺血缺氧发作频率高，脑血流供不应求，而术前进食，情绪兴奋，恐惧，及手术侵犯大脑皮层和脑血管，手术不舒适导致哭闹都会使缺血缺氧症状加重。大约儿童烟雾病患者在早期手术之后会造成缺血缺氧，经过治疗，大约儿童烟雾病患者可能会留下多种并发症。