腰穿取脑脊液是有风险的。如果是后颅窝病变，或者是高颅压，那么腰穿很有可能会引起脑疝，这是因为在释放脑脊液后，蛛网膜下腔的压力会下降，大脑组织会下沉，从而引起脑干在枕骨大孔处的嵌顿。脑疝可引起中枢性的呼吸循环紊乱，严重威胁到病人的生命。另外，有颅内动脉瘤的病人，由于腰穿压的改变，会引起动脉瘤破裂出血。其它的危险包括穿刺损伤，局部感染，低颅压头痛，麻醉药物过敏。