CT扫描只能检测到大脑组织和颅骨的器质性病变，CT扫描正常的时候会出现头痛，主要是偏头痛、紧张性头痛、丛集性头痛等。三叉神经痛、枕大神经痛等是头面部神经病理性头疼。
脑膜炎症导致的头疼，CT检查是无法诊断的，也有少部分是蛛网膜下腔出血、脑静脉窦血栓等疾病，需要做详细的病史询问、神经系统查体，同时还要配合核磁共振检查、腰穿脑脊液检查、脑血管检查。