注射乙脑疫苗发烧39.7可以通过使用药物、物理降温等方式来缓解症状。具体分析如下：
注射乙肝疫苗后，发热39℃，可以通过口服退烧的药来进行退烧，在退烧的过程中要多吃一些水，这样可以促进汗和尿的排泄，这样才能够达到更好的退烧效果，因为流脑疫苗导致的发热一般会持续2-3天，在38℃以下可以采取物理措施来进行降温，在体温高于38℃5分的时候要吃一些退烧的药来进行退烧，避免高热的惊厥，如果发热时间长达三日以上，最好去正规的医院做进一步的治疗。