舌咽神经痛主要是由于神经脱髓鞘、肿瘤、颅内舌咽神经受损引起。受到精神刺激的人群、生活习惯不良的人群是本病的好发人群，具体分析如下：
1、神经脱髓鞘：包裹舌咽神经的髓鞘缺失，造成了舌咽神经传导系统传导障碍，是造成原发性舌咽神经痛的主要病因。
2、肿瘤：颅后窝的恶性肿瘤损伤了舌咽神经，或者颈静脉孔区、颅底、鼻咽部、扁桃体等的肿瘤，局部蛛网膜炎或动脉瘤压迫，从而造成本病。
3、颅内舌咽神经受损：局部感染或者舌咽神经变性均可以造成本病。