目前自身免疫性脑炎可以通过糖皮质激素、免疫球蛋白等药物来进行治疗，如果有癫痫发作、精神症状等并发症，需要对症支持治疗，同时还需要进行抗肿瘤治疗。
对于合并的疾病，比如癫痫的治疗可以采用抗癫痫药物治疗。
1.糖皮质激素：常规应用糖皮质激素冲击疗法，甲泼尼龙静点后改为口服，逐步减少剂量；如果是轻度的，可以选择服用口服激素，而不是冲击治疗，一般是6个月，期间要观察脑炎的活动情况，同时还要考虑到病情的变化和复发。
2.免疫球蛋白：作为自身免疫性脑炎的第一线免疫疗法，可以提高病人的抗感染、免疫调节功能，如果病情较重，可以配合激素，2~4周反复注射静脉免疫球蛋白，可以反复或多次注射。
3.血浆置换：可以和激素结合，但如果静脉注射了免疫球蛋白，则不能马上进行血浆交换，否则血浆交换很难影响鞘内自身抗体的合成，如果是脑脊液抗体为阳性，血清抗体为阴性，则需要进一步验证。
4.利妥昔单抗：在外周血CD细胞被清除之前，应视外周血CD阳性B细胞水平而定。国外有50%以上的抗N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎。在我国，此药是一种超范围使用的药物，患者要遵守患者的知情同意和药事流程，同时要考虑到患者的感染风险和副作用。
5.环磷酰胺：这是一种二线药物，主要用于对一线药物不敏感的患者，在症状消失后停止使用。
6.吗替麦考酚酯：主要是针对复发病人，对于一线免疫治疗无效的自身免疫性脑炎，对肿瘤阴性的严重的N-甲基-D-天冬氨酸受体脑炎的病人。