脑炎早期一般不能用CT查出，通常头部CT无法检查早期脑膜炎只在炎症较严重、造成脑细胞损伤、造成脑细胞周围水肿后才会在头部CT上有所显示。
早期脑膜炎通常由脑脊液检查确诊，脑脊液采集应在医院腰穿、医院麻醉、脊柱两骨间取一点脑脊液样本作培养用针，但本病的进展尤其快，处理要马上完成，即使在检查结果未出前也要处理。