一般情况下，需针对脑炎病人这一不同病原体感染情况，决定病人特定用药时间。
若病人者感染病毒，通常情况下，病人的症状不严重的话，总体状况良好，这类病人通常这种单纯疱疹病毒感染为自限性。另外一种就是单纯疱疹病毒与其他类型的疾病引起的脑炎相比起来都比较严重，因此这两种病症对于患者来说都比较难控制，所以必须及时对其进行治疗，这样才能够提高疗效。抗病毒通常治疗3周，约1个月，但还必须根据病人具体情况而定，病情较轻者可用药时间缩短，但若病人病情严重，施用药物治疗时间相对较长，例如，有些是结核杆菌引起结核性或脑膜脑炎，这类病人需使用抗结核，抗结核药物疗程则较长，有些病人通常最少用药6个月或更长。