脑炎与自身的免疫系统相关，当病人自身免疫力较差时，会导致免疫缺陷性病变。
某些病菌，如细菌、病毒、霉菌等，很可能会通过人体的血液传播，进而影响到中枢神经，从而引发脑炎。也有可能是由于Hiv病毒引起的免疫系统的不足，从而引起了真菌感染，从而引起了细菌感染的脑炎，例如隐球菌感染会引起隐球菌性脑炎。这种情况下，要进行抗菌药物的治疗，并且会有一定的难度，病人的预后也会很差。