乙肝脑炎在早期可以得到很好的治疗，一般不会留下任何的后遗症。
有些病人由于感染了大面积的脑组织，病情严重时会出现一些并发症。痴呆、癫痫发作、肢体活动障碍、言语障碍等是临床上常用的治疗方法。
术后出现意识障碍、昏迷、肺部感染可导致中枢性呼吸功能不全等，可降低其发病和严重后果。
由于个体差异，少部分患者并不会出现后遗症，术后恢复的情况比较好。