处理颅内感染，通常可采用磺胺类或头孢类药物，更易透过血脑屏障，对颅内感染的治疗疗效通常较好，对于颅内感染者，建议首先对症治疗，以减轻当前明显的病症，待病情平稳后，对原发病给予彻底治疗。在用药之前应该做一些检查，比如血液培养和脑嵴液中细菌数量等，如果发现有大量的细菌存在的话就应该立即停止用药。这通常会更好，对药物的选用原则为需使用该抗菌药物，能透过血脑屏障到达脑脊液的原理，通常使用频率较高。
此外，颅内感染患者应该避免自行用药，以免出现不良症状。