偏头痛具有遗传易感性，而饮食、内分泌、环境以及精神因素等均与偏头痛的发病有一定关系。
偏头痛具有明显的家族聚集性，并且有一类神经系统兴奋性相关基因突变与偏头痛常见类型有关，因此可以说偏头痛与大脑神经细胞的兴奋性紊乱有关。此外，偏头痛多见于女性，常始于青春期，多在经前期或经期发作，因此一般认为与内分泌密切相关。