流脑病情复杂多样且严重程度不一，一般可表现出普通型，爆发型及慢性败血症型3种临床类型，另外还有非典型表现者，此潜伏期1~7天，通常2~3天。
对普通型而言，其主要症状为上呼吸道感染期、败血症期和脑膜炎期。也有爆发型，表现为爆发休克型，爆发脑膜脑炎型和混合型等，其中混合型为均具有以上两类爆发型临床表现往往同时发生或相继发生，为本病中最为严重者。
当然也包括慢性脑膜炎球菌败血症和非典型性等。对流脑脊液者，其共同临床表现为、病毒感染、白细胞轻度升高和糖氯化物正常。