通常情况下，肌阵挛性癫痫是皮质发育障碍、肿瘤、中枢神经系统感染等原因引起的。
1、皮质发育异常：神经元异位症、局部皮质发育不良是皮质发育异常的主要表现。前驱神经元的运动受到阻碍，无法形成必要的突触连接，从而在局部区域内产生神经网络，从而诱发癫痫。
2、肿瘤：颅内肿瘤可以导致肌阵挛性癫痫的发作，而颅外肿瘤可以通过转移或副肿瘤综合征来导致癫痫反复发作。流行病学研究表明，4%的癫痫病是由肿瘤引起的。在脑瘤病人中，有35%的人患有癫痫病。
3、中枢神经系统感染：结核性脑膜炎、神经梅毒、病毒性脑炎等均可继发于中枢神经系统感染。