继发性失眠易于中枢神经系统疾病、躯体疾病等混淆。
中枢神经系统疾病可导致睡眠障碍，此时可能和继发性失眠混淆。躯体疾病本身并不失眠，可能晚上反复出现的大下便及排便不正常等，同时还可引起失眠。如果是躯体疾病，那么会影响到情绪和生活，但这并不叫真正的失眠。需要积极的对原发疾病进行针对性的治疗，以免对睡眠造成影响。