脑炎的诊断通常要做腰椎穿刺和脑脊液的检查，主要包括脑脊液的压力、脑脊液的细胞数，糖，蛋白和细菌的涂片，可以检测到细菌、真菌、结核杆菌，也可以进行抗体的检测，例如某些病毒的抗体和寄生虫感染的抗体。此外，由于中枢神经系统脑转移瘤所致的副肿瘤性脑炎，也可以进行肿瘤标记物的检测，通常需要做腰椎穿刺脑脊液的检查，以确定脑炎的种类。