对发作性睡病的发病原因的探讨尚不清楚，主要是由于脑干的网络，以及与遗传、一些中央系统的病变有关。
在实验的动物实验中，这和下丘脑分泌激素和受体的变异有关。发作性睡眠病的病因是由于机体的免疫损害，使下丘脑分泌素细胞凋亡，荷尔蒙分泌下降，从而使其脑脊液内的下视神经分泌素含量明显下降，甚至消失。这仅仅是一个原因，更多的研究表明，环境因素、遗传因素也可能会导致发作性睡病。