一般来说，流产第三天腰疼主要是以下原因。具体分析如下：
流产第三天腰疼，主要是子宫内膜受到损伤之后脱落引起的，而常伴有阴道出血的症状，一般是正常的生理现象，无需特殊处理。但是如果腰疼的症状持续加重，影响正常的生活，可能是流产导致急性盆腔炎发作，需要及时到医院进行检查，然后在医生的指导下进行相应的治疗。
平时应养成合理的作息时间，保证充足的睡眠。