肥厚性心肌病末期可以进行药物治疗，例如口服美托洛尔等。
肥厚性心肌病与恶性肿瘤有所不同，通常情况下，患者可以采用口服药物的方式进行控制，例如口服美托洛尔等。若患者同时伴有心律失常（例如室性心律失常），则可以加用胺碘酮进行治疗，若合并心功能不全，则可以加用呋塞米进行治疗，若患者出现流出道梗阻等情况，则可以考虑采用手术的方式对肥厚室间隔进行一定程度的切除。