一般情况下，对于肥胖型心肌疾病，药物疗法是最基本的，但后期肥胖型心肌病会导致心力衰竭和房颤，因此需要使用血管紧张素转换酶抑制剂、倍他受体阻断剂、强心利尿药等抗心衰的药物；如果出现了房颤者，可以通过使用氨碘酮和倍他受体阻滞药来降低心律失常，降低患者的心跳，降低患者的心脏功能。对于肥胖性心肌疾病，在晚期采用药物是不能有效的，但对于伴有较重的流道性阻塞患者，建议采用外科手术进行室间切开。不能做外科治疗的病人，可以通过经皮穿刺将无水乙醇注射进腔内，形成室腔内的缺血性坏死。晚期心肌炎的病人，在使用药物或房室隔手术后，均无法达到理想的疗效，此时应考虑进行心肺移植手术。