肥厚性心肌病的预后有较大的不同。
对梗阻性肥厚性心肌病（简称梗阻性心肌病），部分于青少年时期及活动期间突然死亡，部分逐渐发生心力衰竭（心衰），进展至终末期心衰（心衰），最终死于心力衰竭，感染及其他疾病。而部分病人（以非梗阻型肥厚性心肌病为主），临床表现较轻，大多在平时健康查体中被检出，对一般日常活动无影响，临床症状较轻，寿命与正常人相近。