心尖肥厚型心肌病后期患者有可能出现心功能不全、房颤、猝死等问题，因此，在治疗中要重点关注心功能，如强心利尿剂、地高辛、螺内酯、呋塞米等。
在提高心脏功能的同时，还需使用倍他乐克，以降低心肌梗死等并发症，并使用华法林抗凝，以防止血栓的形成。心尖肥厚型心肌病后期心功能不好，使用强心利尿药物等药物治疗，效果不理想，可以进行心脏移植等手术。