先天性心脏病患者，在咨询专业的医生后，可以考虑选择药物治疗。
药物疗法的目的是为了提高心脏的机能，因为随着年纪的增加，病情的恶化，心脏的机能会下降，这时候可以选择一些有强心性的药物，比如地高辛，或者是服用一些提高心脏机能的药，比如呋塞米利尿；一些病人出现了加速的心脏跳动，这时可以使用一些降低心率的药，比如倍他；另外一些病人由于其心脏的构造异常，更容易出现血栓，需要服用一些抗凝的药物，比如阿司匹林、华法林等。