通常来说，多脏器功能衰竭需要针对病因进行治疗。
如果出现多器官功能异常，应及时对原发病进行治疗。如果是大范围的伤口，要及时的清理伤口，补充液体，避免感染；当发生心衰的肺感染时，应注意减少心力负担，控制感染。另外，人体是一个整体，在治疗原发性疾病时，要注意患者的总体状况，如病人昏迷、不能进食，需要进行肠道或肠外营养。对于此类病症，应尽早进行早期诊断和治疗，以延缓病情发展。