肥厚性心肌病的患者，在药物治疗无效时或者是虽然经过系统的用药，但是患者心衰症状较重，并且存在流出道梗阻的患者，必要时可以行室间隔切除术或者是行酒精室间隔消融术。
对于采用非二氢吡啶类的钙通道阻滞剂、β受体阻滞剂等进行保守疗法可以缓解病情。如果出现了心力衰竭，可以口服利尿剂、地高辛、ACEI/ARB等。常用的抗抑郁药有：比索洛尔，美托洛尔等。地尔硫卓和维拉帕米是目前常用的非二氢吡啶类钙离子通路阻断药。