心脏离子通道病的主要病因为家族遗传性的编码各主要离子通道亚单位的基因突变引发的离子通道异常，好发于有家族史的群体，无确切诱发因素。
1、遗传因素：该疾病具有明显的家系聚合度，其遗传变异导致的离子通路变异，以及钠、钾、钙等离子通路都与心脏的正常生理机能有关。由于心脏的离子通道疾病会引起心脏的异常，从而引起心脏的突然的恶性心脏跳动。
2、获得性心脏的离子通路疾病：由于药物、电解质紊乱、缺血性心脏病、其它结构性心脏病等原因，比较常见。很多药都具有引起心律不齐的效应，这些药可以阻断HERG和SENSA的离子通路，从而导致心脏运动电位的复极性延迟，传导阻滞，Q—T间隔时间增加，从而导致心律不齐。在极少数群体中，对毒品尤其过敏，Q-T间隔时间较高，这与基因的易感度相关。