一般情况下，低分子肝素治疗血栓一般需要应用3-6个月。
根据数据显示，3-6个月的抗凝治疗后，血栓很难再出现，患者在住院期间可以使用低分子肝素，从而减少血栓，甚至彻底消失。但长期使用低分子肝素，会造成大量的出血，或是体内的钙离子流失，造成低钙血症，同时也不方便注射，因为患者需要用皮下注射，会有一定的痛苦，所以并没有太多的遵从。