新生儿先天性心脏病的发病原因主要与环境因素、遗传因素等因素相关。
1、母亲在怀孕三个月期间受到了病毒的影响，特别是患上了风疹，母亲营养不良、糖尿病、高钙血症、辐射、服用过细胞毒的药品，母亲年纪太大，都会造成胎儿的先天疾病；
2、遗传因素：由于父母的生育细胞发生了染色体异常，所以患上了先天性心脏病。
3、其他因素：在高原上，由于孕妇在怀孕期间缺乏氧气，所以新生儿的先天性心脏病比较常见。