血管内血栓的治疗主要是根据血管内血栓的情况，血管是动脉还是静脉，来进行综合判断。
如果血管是指静脉血管，患者就会有血管内血栓的形成。如果是深静脉血栓，除了抗凝保守治疗外，还可以进行血栓清除或导管溶栓。
如果是动脉，并且其中形成了血栓，可以通过手术将血管拉出体外，也可以通过介入的方式，比如在血管内放置溶栓导管进行治疗，局部注射药物增加血栓的清除率，或者通过机械方式打破血块，吸收到体内。