肠胃不舒服发热时，需根据具体表现查明原因，并尽可能在医生指导下对因对症治疗，其中细菌性胃肠炎、病毒性胃肠炎为临床上最常见的。
1、细菌性胃肠炎：多由不适当饮食所致，例如吃不干净，生冷和其他刺激性食物可造成细菌性胃肠炎。通常以恶心、呕吐和腹泻为特征，也可伴有发烧和脱水。这时大多选择抗生素治疗如左氧氟沙星。通常在急性胃肠炎减轻时发热症状亦随之减轻。若为高热首先需要给予退烧的药物，然后给予吲哚美辛等其他的治疗；
2、病毒性胃肠炎：病毒感染所致急性胃肠炎症，其症状主要有腹痛、腹泻、水样便、恶心、呕吐、发热等。一般需对因及对症处理，可应用蒙脱石散，以抑制病毒和减轻拉稀，拉稀严重者还要进行补液。