咖啡灌肠时间不宜过急，时间可以自己掌握在15到30分钟之间，期间可以听听音乐来放松。做咖啡灌肠次数最好是早、晚各一次，最佳时间是餐后一小时。
对咖啡因和其他化学物质能引起过敏者，咖啡要稀释至四倍后使用。灌肠结束时，大肠如出现蠕动过度情况，应予中止，向专业人员咨询。咖啡中酸对肛门皮肤有刺激作用，可加重痔疮，也可导致裂痔，脱肛和肛门炎。
所以灌肠后，宜用蘸有肥皂的指头伸到肛门内2~3个左右，然后用温水洗净，擦后于肛门处涂凡士林以防痔疮。做咖啡灌肠可以使大肠失去水分，灌肠前和灌肠后要多喝蔬果汁或水，可以配合纤维素、益生菌、竹碳微粒等增强作用。
如厕必须进行腹式按摩，才能落实成效。灌肠液在1000cc附近效果最好。不过可以根据个人条件逐步加大灌肠液容量到1000cc上下。咖啡灌肠有助于排除大肠中的垃圾，减少垃圾在肠中的停留时间，不能代替日常正常大便。