进行肠道水疗可能会带来不良反应。同时由于粪便中含有大量水分，还会刺激肛管周围皮肤发生水肿。不当的操作可能导致肠内感染，例如多次进行肠疗，导管在肛门进出时可能会导致肛门括约肌的松弛，此外，对于体质敏感，尤其是便秘患者而言，长期进行肠疗可能会加重病情。
另外由于肠内容物进入腹腔后不易被吸收，因此对肝脏和肾脏都产生一定程度影响。若操作失当，则可能导致直肠黏膜受损并出现出血现象。由于人体有一定数量的水存在于大肠中，因此可将其注入体内达到治疗目的。灌肠疗法，是一种备受欢迎的排毒方式，它能够有效地清洗肠道、排出毒素、调节内分泌，而且是唯一一种不需要注射、服药、天然的减肥方法。