狂犬病毒脑炎的病死率最高，几乎为100％。淋巴细胞性脉络丛脑膜炎、传染性单核细胞增多症并发脑炎、埃可病毒脑炎、柯萨奇病毒脑炎、腮腺炎病毒脑炎患者的预后多较好，大多数患者能逐渐痊愈。某些埃可病毒脑炎及柯萨奇病毒脑炎患儿可出现肢体瘫痪，但很少留下后遗症，极少数腮腺炎脑炎患儿可有偏瘫。