许多病毒性脑炎是可完全恢复的，存活与康复的机会很大程度上取决于病毒的类型。如细菌性脑膜炎得到及时治疗，死亡率不到10％。但如果诊治延误会造成不可逆的脑损害甚至死亡，特别是婴儿和老人。大多数人可以完全康复。某些后遗症，则需要终身治疗。为了保证更好的恢复，治疗应在进入昏迷前尽早开始。成人愈后较好，而儿童恢复则需要较长时间，婴儿可能遗留有不可逆损害。