不同的患者病情轻重不等，轻者可自行缓解，预后良好，重者可遗留神经系统后遗症，甚至死亡。大部分患儿可以完全恢复，不留任何神经系统后遗症。少数患儿病情严重，尤其是单纯疱疹病毒脑炎患者，可有脑实质的严重受累，预后不良，常常遗留神经精神异常。